Am 18. Dezember 1904 errichtete der Staat die Garnisonkirche (heute: St. Matthäus) am Braunschweiger Prinzenpark. Die Bronzeglocken wurden im Ersten Weltkrieg eingeschmolzen, so dass am 26. Februar 1922 neue Glocken aus Stahl geweiht wurden. Beim Luftangriff auf Braunschweig am 14./15. Oktober 1944 wurde das Dach der Kirche beschädigt. Die Glasfenster wurden zerstört. Trümmer lagen im Innenraum der Kirche, so dass sie lange Zeit unbenutzt blieb.
Erst mit der Gründung der Kirchengemeinde St. Matthäusgemeinde am 1. April 1966 erhielt die Garnisonkirche den Namen St. Matthäus. Sie wurde am 2. Juni 1967 als Gemeindekirche eingeweiht. Am 27. Oktober 1968 wurde die neue Orgel in Betrieb genommen. Am 1. März 1973 fand die Schlüsselübergabe für das Gemeindezentrum neben der Kirche statt. Dort befand sich auch das Gemeindebüro.
Am 31. Oktober 2009 wurde in der Matthäuskirche durch einen Beschluss der Landeskirche Braunschweig die Jugendkirche Braunschweig eröffnet. Dies hatte viele bauliche Veränderungen zur Folge. Neben Küche und Toiletten wurden auch Licht- und Tontechnik installiert.
Im Jahr 2011 fusionierte die Gemeinde St. Matthäus mit der Gemeinde St. Pauli zur Kirchengemeinde St. Pauli-Matthäus. Das Pfarrbüro zog 2015 aus dem Gemeindezentrum in den vorderen Teil der Matthäuskirche, so dass das Gemeindezentrum nun für das Kinder- und Jugendzentrum KIEZ genutzt werden konnte.
Am 01. Juli 2018 gründete sich der Pfarrverband Braunschweig Ost. Der Pfarrsitz des Pfarrverbandes ist St. Matthäus. So wird die Matthäuskirche seit letztem Jahr vom Pfarrverband, von der Jugendkirche und dem Kinder- und Jugendzentrum KIEZ genutzt.