Die Magnuskirche ist urkundlich ab dem frühen 11. Jahrhundert erwähnt. Ältere Untersuchungen suchen den Anfang der Kirche in karolingischer Zeit, auch wenn die aktuellen Bauforschungen diese frühe Datierung noch nicht haben bestätigen können.
Im Mittelalter wurde die Magnuskirche schrittweise zu ihrer heutigen Gestalt, einer dreischiffigen Kirche erweitert. Als Gemeindekirche des Andreasstiftes war sie die Keimzelle der Reformation in Worms; spätestens seit Luther 1521 in Worms war, wurde hier reformatorisch gepredigt. Daher gilt die Kirche als älteste evangelische Kirche im Südwesten Deutschlands! Eine deutsche Messe ist ein Jahr vor der Gottesdienstreform in Wittenberg in einem Druck des Jahres 1524 überliefert.
In ihrer Geschichte wurde die Magnuskirche mehrfach zerstört: Brände im Mittelalter, Pfälzer Erbfolgekrieg 1689; zuletzt 1945 im Zweiten Weltkrieg. Danach wurde sie in romanischer Gestalt wiederaufgebaut und beherbergt mit „La flèche blance“ („Der Weiße Pfeil“) von Antonie Tapiès das bedeutendste zeitgenössische Kunstwerk in Worms.