Karsten Krüger wurde 1969 in Berlin geboren. Nach dem Abitur am Paul-Gerhardt-Gymnasium in Dassel studierte er Kirchenmusik in Hannover bei Prof. Ulrich Bremsteller (Orgel), Heinz Hennig (Chorleitung) und Carl-Heinz Müller (Bariton). Das A-Examen legte er 1996 ab und trat im gleichen Jahr die Propsteikantorenstelle an der Lutherkirche in Bad Harzburg an.
Karsten Krüger absolvierte Meisterkurse unter anderem bei Harald Vogel, Pierre Cogen, Anders Bondemann und Wolfgang Seiffen. Als Gesangssolist wirkte er unter anderem mit bei barocken Oratorien und Kantaten von J.S.Bach sowie bei größeren Werken von Händel und Monteverdi. Seine Konzerttätigkeit als Organist, Gesangssolist, Ensemblesänger, Kammermusiker und Dirigent führten ihn durch Deutschland und ins europäische Ausland.